Sie leitete die grösste heilpädagogische Institution im Kanton Luzern seit dem 1. Februar 2011. In ihrer Amtszeit hat sie verschiedene wichtige Vorhaben umgesetzt oder vorbereitet. Die Schwerpunkte der Arbeiten von Marie-Theres Habermacher lagen in der Weiterentwicklung der bestehenden Angebote: So werden heute vermehrt Kinder und Jugendliche mit einer schweren geistigen Behinderung im HPZH gefördert. Zudem unterstützt die Institution zahlreiche behinderte Kinder, welche in einer Regelschule integriert geschult werden. Eine grössere Entwicklung ergab sich auch bei der Bildung der Kinder und Jugendlichen mit einer Hörbehinderung: Aufgrund der erfolgreichen integrierten Förderung durch den Audiopädagogischen Dienst der Schule Hohenrain konnte die Schulung hörbehinderter Kinder in Hohenrain am Ende des letzten Schuljahres nach fast 170 Jahren erfolgreich abgeschlossen werden. Der Schwerpunkt der zweiten Abteilung liegt nun auf der Schulung und Förderung von Kindern mit einer Sprachbehinderung.
Neben den inhaltlichen Entwicklungsarbeiten leitete die Rektorin in ihrer Amtszeit auch eine grössere Organisationsreform ein. Ebenso regte sie eine umfassende Sanierung der Altbauten und der Internatsgebäude aus den sechziger Jahren des letzten Jahrhunderts an und koordinierte die dafür notwendigen Planungs- und Vorbereitungsarbeiten. Der Kantonsrat wird das 30-Millionen-Projekt in der nächsten Session behandeln. Wenn er der Sanierung zustimmt, starten die Bauarbeiten gleichzeitig mit der Pensionierung von Marie-Theres Habermacher im Sommer 2017.[content_block id=29782 slug=ena-banner]